Le projet Avalon est créé en 1974. Lors de la guerre du Viêtnam, le président des Etats-Unis demande une solution afin de réduire le coût des guerres. Le major John Miller et le docteur Henri O'Connor apportent la solution, certes farfelue, mais qui séduit le Président désespéré. Leur idée, créer des êtres génétiquement modifiés capables de régler les conflits sans être obligé de déployer une armée entière. Le Major trouve l'emplacement idéal. Et le docteur O'Connor rassemble les meilleurs scientifiques afin de pouvoir commencer à faire les recherches nécessaires.

Il faut six ans d'essais infructueux. D'analyses de données et de réunions pour voir le premier Alpha venir au monde. Le Major Miller décide de prendre des femmes vivant dans la rue, droguées, prostituées. Qui ne manquent à presque personne pour porter ces enfants. À leurs naissances, les mères sont tuées et les enfants élevés par les scientifiques qui les étudient minutieusement. Ce qui doit être une réussite fabuleuse, devient rapidement un cauchemar. Les enfants sont instables psychologiquement et beaucoup montrent des problèmes physiques. Les détruire serait la meilleure solution, mais O'Connor est attaché à ceux qu'il considère comme ses enfants et il décide de tout faire pour les "réparer". Pendant trois ans, il lutte contre le Commandant Miller. Pourtant à la fin des années 80 un drame se produit. Un Alpha tue le Docteur O'Connor dans un accès de rage, mettant une première fois le projet en péril. Le commandant ordonne l'extermination des Alphas. Les scientifiques réussissent à en sauver 20 afin de pouvoir les étudier et améliorer la prochaine génération.

La perte du docteur O'Connor est un coup dur. Mais cela ne signe pas le glas du projet puisque la génération suivante est déjà en cours de création. Les Thêta doivent être parfaits. Les scientifiques ont suivi à la lettre les notes d'amélioration du scientifique mort. Cette fois, il n'est pas question d'enlever et tuer les mères. Il faut des sujets sains. Pour cela, ils créent un programme de lutte contre l'infertilité. Pendant 4 ans, ils inséminent des femmes avec des embryons modifiés. Les bébés sont déclarés morts à la naissance et emmenés au Fort Detrick. Malheureusement, les modifications faites par les scientifiques n'ont pas les résultats attendus. Pendant 14 ans, les enfants sont entraînés pour devenir des soldats. Ils sont doués, mais ne montrent aucun signe de capacité extraordinaire. Le commandant est en colère et veut éliminer cette génération, mais il doit s'avouer vaincu face aux scientifiques qui refusent que l'on tue des expériences qui ne sont au final que des enfants. Leur mémoire est effacée et ils sont placés dans des familles de la ville.

Le projet est mis à mal et le gouvernement est bien décidé à le fermer. A oublier ses attentes et surtout à arrêter les frais. Depuis son commencement, des millions de dollars ont été injectés dedans pour un résultat nul. Mais grâce à un scientifique, le Docteur Ethan Thomas, le projet continue. Ce grand génie de la génétique finit par créer un caisson révolutionnaire. Plus besoin de mère porteuse, il peut créer des soldats en un temps record, passant de l'état embryonnaire à l'état adulte en quelques jours. C'est ainsi qu'est créée la génération des Upsilon. Tous les espoirs sont fondés sur eux et pendant 14 ans, ils sont fabriqués à la chaîne. Les résultats sont au-delà des attentes. Si la fabrication est parfaite, il reste néanmoins un problème de taille, la mémoire. Façonnée de toutes pièces, celle-ci n'est pas parfaite. Au bout de quelques années, des failles apparaissent. Les Upsilon comprennent ce qu'ils sont et se révoltent contre le Fort Detrick. La bataille est rude et sanglante. Certains réussissent à s'enfuir et d'autres, bien que conscients de ce qu'ils sont restent au côté de leur créateur.

Il ne faut pas longtemps aux scientifiques pour trouver comment créer la génération parfaite. Les Oméga se révèlent être parfait en tout point. Le commandant peut enfin voir la consécration de son projet, le travail de plus de 30 ans. Mais plusieurs choses se passent. Les habitants d'Annapolis sont témoins d'incidents étranges. Incidents liés aux capacités de leurs créations. Les Upsillon qui luttent pour s'unir et s'opposer au gouvernement. Mais aussi les Thêtas, qui pour certains, découvrent leurs pouvoirs à la suite d'un choc émotionnel. De plus les Alphas survivants après 29 ans de captivité, réussissent à s'enfuir de leur prison. Ils sont maintenant en ville, instables et dangereux. Le commandant comprend que le projet n'a jamais été autant en danger. Il prend la décision de lancer les Omégas et ses meilleurs soldats à leur recherche. Ils ont une mission, un ordre. Ramener les mutants qui sont actuellement en ville et tuer ceux qui montrent la moindre résistance. Bien décidé à faire le ménage dans la ville, les temps n'ont jamais été aussi dangereux pour tout le monde.